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bedtools 用法大全(一文就够吧) bedtools 等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据 处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它 能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议 正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本 功力。

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#cuffmerge合并每个样本过滤之后转录本的同时与参考序列gtf比较重新构建新转录本. 3.4 筛选候选的novel transcript： # 创建文件夹用来放置参考基因组或注释文件 mkdir -p rna_practice / data / ref # 下载cdna（转录本）、dna（基因组）、gff3、gtf文件（注释文件） nohup wget ftp: // ftp.ensemblgenomes.org / pub / plants / release-28 / fasta / arabidopsis_thaliana / cdna / Arabidopsis_thaliana.TAIR10. 28. © 2013-2018 Broad Institute and the Regents of the University of California bedtools 用法大全(一文就够吧) bedtools 等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据 处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它 能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议 正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本 功力。 同样在annovar文件下运行这两个perl程序. perl annotate_variation.pl --buildver mm9 --downdb seq mousedb/mm9_seq.

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30/11/2015 结论：使用UCSC的mm10参考基因组进行构建OK! 步骤： 1.下载vcf的tbi文件： axel -n 10 ftp://ftp-mouse.sanger.ac.uk/current_snps/strain_specific 进入官网后直接下载对应hg19的最新人类的基因组注释文件（Data-----Human-----GRCh37-mapped Releases-----选择2016年10月份发布的最新注释版本“ gencode . v26lift37 . annotation . gtf .

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cuffmerge -o merged -g Mus_musculus.GRCm38.87.gtf -s mm10.fasta -p 16 mergelist.txt. #cuffmerge合并每个样本过滤之后转录本的同时与参考序列gtf比较重新构建新转录本.

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samtools的faidx命令可以获取fasta文件中的序列长度信息，从其生成的后缀为fai的文件中可以获得chrom.sizes文件，用法如下. 3. 自己写脚本进行统计 目的： 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业： 截图几个基因的IGV可视化结构！ 从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 1.NCBI 人类基因组 GRCh38下载（默认）： ftp://ftp.ncbi.n 1. GRCm38 Genome Reference Consortium Mouse Build 38 Organism: Mus musculus (house mouse) Submitter: Genome Reference Consortium Date: 2012/01/09 Assembly type: haploid-with-alt-loci Assembly level: Chromosome Genome representation: full Synonyms: mm10 GenBank assembly accession: GCA_000001635.2 (replaced) RefSeq assembly accession: GCF_000001635.20 (replaced) IDs: 327618[UID] 326478 [GenBank 参考基因组概况 参考基因组下载的网站主要有3个NCBI,Ensembl,UCSC，一般参考基因组的.gz压缩文件文件大小为900M以上不超过950M，解压后大于等于3G. 前面既然把我多年累积的软件安装代码共享了，就顺便把我最近做直播我的基因组的一些数据下载代码共享吧！ [mw_shl_code=shell,true]cd ~/referencemkdir-p genome/hg1 生信技能树 各位大侠，有没有人知道在哪里可以下载到小鼠（mm10）全长的参考基因组文件（.fa格式）啊，我在UCSC上看到的都是以染色体为单位分开的，如chr1.fa, chr2.fa等，请问这是需要自己去组装或者别的地方有组装好的全长的文件吗？ 我是受到了SOAPfuse的启发才想到整理各种基因组版本的对应关系，完整版！！！ 以后再也不用担心各种基因组版本混乱了，我还特意把所有的下载链接都找到了，可以下载任意版本基因组的基因fasta文件，gtf注释文件等等！ NOTICE: the FASTA file for the genome is not available to download but can be generated by the ANNOVAR software. PLEASE RUN THE FOLLOWING TWO COMMANDS CONSECUTIVELY TO GENERATE THE FASTA FILES (you may need to change -seqdir to -seqfile for some genomes): annotate_variation.pl --buildver mm10 --downdb seq mmdb/mm10_seq retrieve_seq_from_fasta.pl mmdb/mm10_refGene.txt -seqdir mmdb/mm10_seq 1.

如果要下载GTF注释文件，基因组版本尤为重要。有以下 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz ss_fasta ：包含FASTA格式的生物体的所有可用的submitted SNP（ss）序列  下载hg38 cd ~/reference mkdir -p genome/hg38 && cd genome/hg38 nohup wget ##grcm38--小鼠基因组参考序列版本号是GRCm38,相当于mm10 tar zxvf hg38.tar.gz （2）ftp下载： ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/fasta/homosapiens/ 注释文件下载（默认gtf，大部分比对软件输入格式）：. 可以试试下载.2bit文件，下载后用TwobitToFa软件转成fasta文件，应该也可以用。 2015-11-24 17:27.

Human (hg19), Mouse (mm10), Rat (rn5) and Drosophila (dm3)有可用的junction索引文件下载。 作者同时打包了所有的转录组、基因组和核糖体RNA索引、fasta文件和gtf文件。 需要将bowtie1索引文件解压至以下文件夹： 下载注释文件以及基因组。目前最新的小鼠（家鼠）参考基因组是GRCm39（mm39），但是可能还是GRCm38（mm10）用得比较多。本着向前发展的原则，我们用mm39。 参考基因组fasta文件 这个可以直接从UCSC、Ensembl或者GENCODE下载，既有整合在一起的染色体参考基因组fasta，也有单个染色体的fasta。例如参考基因组及注释文件下载。 基因注释文件 该文件的格式是UCSC GenePred格式的扩展，主要包括以下字段： 该文件的获取你完全 ENCODE项目最新版本都用hg38和mm10了。不过geo上的大多数数据都是hg19和mm9的。用liftover转换基因组版本，简单快捷，但会损失信息。实在不行，就把公共数据用最新版本重新跑一下。 其他该避免的陷阱： 确保文件下载完整. fasta文件和gtf文件版本对应 Mouse GRCm38/mm10; Genome Assembly Hubs; SARS-CoV-2 (COVID-19) Other; Genome Browser. Configure; Track Search; Reset All User Settings; Tools. Blat; In-Silico PCR Nov 20, 2018 · ss_fasta ：包含FASTA格式的生物体的所有可用的submitted SNP（ss）序列数据（.fas) rs_fasta ：包含FASTA格式的人类所有可用的参考SNP （RS）序列数据（.fas) chr_rpts 中的txt文件内容： RefSNP id (rs#)rs代号. mapweight where 匹配个数. 1 = Unmapped; 2 = Mapped to single position in genome ENCODE项目最新版本都用hg38和mm10了。不过geo上的大多数数据都是hg19和mm9的。用liftover转换基因组版本，简单快捷，但会损失信息。实在不行，就把公共数据用最新版本重新跑一下。 其他该避免的陷阱： 确保文件下载完整. fasta文件和gtf文件版本对应 twoBitToFa在UCSC下载小鼠的mm10版本基因组数据时没有找到.fa文件，发现了一个mm10.2bit文件，估计是把基因组序列存成了二进制文件，翻看文件说明：mm10.2bit - contains the complete mouse/mm10 genome sequence in the 2bit file format.

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annotation . gtf . gz” ），注意注释文件的格式一般是gtf或者gff3格式的，具体可参考@徐洲更和@沈梦圆的笔记。 If you encounter difficulties with slow download speeds, try using UDT Enabled Rsync (UDR), which improves the throughput of large data transfers over long distances. The 32-bit and 64-bit versions can be downloaded here. 下载红框标记的chrom.sizes文件即可。 2. 利用samtools进行提取. samtools的faidx命令可以获取fasta文件中的序列长度信息，从其生成的后缀为fai的文件中可以获得chrom.sizes文件，用法如下.

gz” ），注意注释文件的格式一般是gtf或者gff3格式的，具体可参考@徐洲更和@沈梦圆的笔记。 If you encounter difficulties with slow download speeds, try using UDT Enabled Rsync (UDR), which improves the throughput of large data transfers over long distances. The 32-bit and 64-bit versions can be downloaded here. 下载红框标记的chrom.sizes文件即可。 2. 利用samtools进行提取. samtools的faidx命令可以获取fasta文件中的序列长度信息，从其生成的后缀为fai的文件中可以获得chrom.sizes文件，用法如下. 3.

Repeats from RepeatMasker a 对应着生信技能树论坛的6个基础板块，包括数据产出，数据规范，数据库资源，统计学，计算机以及生物学基础 © 2013-2018 Broad Institute and the Regents of the University of California ss_fasta ：包含FASTA格式的生物体的所有可用的submitted SNP（ss）序列数据（.fas) rs_fasta ：包含FASTA格式的人类所有可用的参考SNP （RS）序列数据（.fas) chr_rpts 中的txt文件内容： RefSNP id (rs#)rs代号. mapweight where 匹配个数. 1 = Unmapped; 2 = Mapped to single position in genome 你下载了几个bt2文件？名字是什么？ 根据manual The basename of the genome index to be searched. The basename is the name of any of the index files up to but not including the first period. Bowtie first looks in the current directory （第一看当前目录） for the index files, then looks in the indexes subdirectory （第二看bowtie所在目录的indexes子目录） under the directory where the currently … 1_1.fastq文件：成对末端读取的fastq文件的4个SRR编号，与测试代码一起使用 full_code.py：如果使用您自己的SRR编号，则运行代码（请参阅如何使用） sequence.fasta：Herpesvirinae家族的fasta文件，用于建立用于Blast查询的数据库 sleuth.r：运行sleuth的R脚本 makesampleid.r：R脚本，用于制作侦探所需的样本id表 miniproject.log：运行结果记录 如何使用： 要从您自己的终端运行该程序，请使用命令g ucsc这个也是读者来信最多的，关于基因组某些区域的起始终止坐标的下载问题，genomic feature的问题，一般是gtf文件或者bed文件，比如人类hg19上面的所有外显子的坐标记录文件，所有基因的坐标记录文件，所有lncRNA，rRNA等等，我这里拿CpG Islands记录文件下载的4种方式举例子 Finally, the goTable method is also new. That argument indicates when one of the data.frames contains GO information.